Protein–RNA interactions for Protein: O75400

PRPF40A, Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 957 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40AO75400 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PRPF40AO75400 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PRPF40AO75400 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 185 ms