Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Plppr3-201ENSMUST00000092325 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Gm10657-201ENSMUST00000193528 1031 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Pxk-202ENSMUST00000112689 2840 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Cracr2b-201ENSMUST00000053670 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Ankrd9-207ENSMUST00000148765 1431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Ltbr-201ENSMUST00000032489 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Eif2b4-203ENSMUST00000166769 1878 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Tusc3-203ENSMUST00000209440 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 1700016H13Rik-205ENSMUST00000134926 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Nudt19-201ENSMUST00000040962 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Baiap2l2-201ENSMUST00000165408 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Ppp2r2c-203ENSMUST00000201156 461 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Gm26682-201ENSMUST00000180850 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CtcfQ61164 Clcc1-203ENSMUST00000106613 3064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Zbtb10-201ENSMUST00000155203 7414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Kirrel-201ENSMUST00000041732 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 1700056E22Rik-201ENSMUST00000050306 967 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Tpst2-202ENSMUST00000071455 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Gm7102-201ENSMUST00000180168 1624 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Syt7-203ENSMUST00000169121 6834 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Slc22a23-201ENSMUST00000040336 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Pnldc1-201ENSMUST00000163394 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 1700095J03Rik-201ENSMUST00000143715 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 E130307A14Rik-202ENSMUST00000133302 438 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CtcfQ61164 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 93.6 ms