Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PCIF1Q9H4Z3 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.5 ms