Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Cnnm4-201ENSMUST00000153128 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Sephs1-202ENSMUST00000115019 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Vps28Q9D1C8 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Gm29394-204ENSMUST00000177504 448 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 1700105P06Rik-201ENSMUST00000186160 1772 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Znhit6-201ENSMUST00000098534 2339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Phax-202ENSMUST00000130163 1386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Dalrd3-201ENSMUST00000019183 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Sema6d-202ENSMUST00000076335 6276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 1810022K09Rik-201ENSMUST00000108365 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Kctd17-201ENSMUST00000089414 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Ptov1-201ENSMUST00000046575 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Capn10-202ENSMUST00000117814 1268 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Gm2011-201ENSMUST00000203124 1263 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 4930412F12Rik-201ENSMUST00000211700 1471 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Dtymk-202ENSMUST00000112890 1055 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Ypel3-210ENSMUST00000170882 1050 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Gm21168-201ENSMUST00000199646 1096 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Adrm1-201ENSMUST00000061437 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Agmat-201ENSMUST00000038161 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Rer1-201ENSMUST00000030914 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Vps28Q9D1C8 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Akt1s1-203ENSMUST00000107882 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Gm44731-201ENSMUST00000203086 542 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Gm20163-202ENSMUST00000212288 989 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Lpar3-201ENSMUST00000039164 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Gm13790-201ENSMUST00000156209 473 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 4930535I16Rik-201ENSMUST00000181410 519 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Vps28Q9D1C8 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.6 ms