Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CtcfQ61164 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CtcfQ61164 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Stoml2-201ENSMUST00000030169 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Fbxw8-201ENSMUST00000049474 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Csnk1e-203ENSMUST00000122044 3174 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Sstr1-201ENSMUST00000044299 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Ipp-202ENSMUST00000106479 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Ipp-201ENSMUST00000030461 2115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Ptar1-201ENSMUST00000099560 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Naglu-201ENSMUST00000001802 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Adssl1-202ENSMUST00000180015 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Slc30a4-202ENSMUST00000099457 3170 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 5730507C01Rik-202ENSMUST00000177778 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Foxd1-201ENSMUST00000105098 5064 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Golph3-205ENSMUST00000228671 2842 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Ttc19-201ENSMUST00000050646 3410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Bmp6-201ENSMUST00000171970 3593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Gm20100-201ENSMUST00000209418 2272 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Cables2-201ENSMUST00000108891 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Lgr4-201ENSMUST00000046548 5060 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Tesk1-201ENSMUST00000060864 3947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Rbm38-204ENSMUST00000173393 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Auh-203ENSMUST00000119311 2627 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Gm10616-201ENSMUST00000205285 2127 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Magi2-203ENSMUST00000115267 4478 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CtcfQ61164 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Ube2q2-201ENSMUST00000059555 3456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Rp2-203ENSMUST00000115391 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Hexa-201ENSMUST00000026262 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Reep6-207ENSMUST00000186864 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 A030001D20Rik-201ENSMUST00000211533 1542 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Wrap73-201ENSMUST00000030895 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Rin3-202ENSMUST00000101114 2394 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Ppp1r21-201ENSMUST00000038551 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Znrf1-204ENSMUST00000171182 5466 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Zfpm1-201ENSMUST00000054052 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Cdkn1c-201ENSMUST00000037287 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CtcfQ61164 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 109 ms