Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PCIF1Q9H4Z3 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PCIF1Q9H4Z3 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.2 ms