Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TREX1Q9NSU2 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TREX1Q9NSU2 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
TREX1Q9NSU2 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TREX1Q9NSU2 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TREX1Q9NSU2 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TREX1Q9NSU2 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TREX1Q9NSU2 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TREX1Q9NSU2 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TREX1Q9NSU2 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TREX1Q9NSU2 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87 ms