Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
PCIF1Q9H4Z3 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PCIF1Q9H4Z3 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.1 ms