Protein–RNA interactions for Protein: Q96S90

LYSMD1, LysM and putative peptidoglycan-binding domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 227 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LYSMD1Q96S90 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LYSMD1Q96S90 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LYSMD1Q96S90 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LYSMD1Q96S90 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
LYSMD1Q96S90 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
LYSMD1Q96S90 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
LYSMD1Q96S90 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
LYSMD1Q96S90 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
LYSMD1Q96S90 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
LYSMD1Q96S90 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
LYSMD1Q96S90 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LYSMD1Q96S90 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LYSMD1Q96S90 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
LYSMD1Q96S90 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
LYSMD1Q96S90 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
LYSMD1Q96S90 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC27.73■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
LYSMD1Q96S90 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
LYSMD1Q96S90 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
LYSMD1Q96S90 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LYSMD1Q96S90 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LYSMD1Q96S90 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LYSMD1Q96S90 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LYSMD1Q96S90 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LYSMD1Q96S90 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LYSMD1Q96S90 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
LYSMD1Q96S90 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
LYSMD1Q96S90 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
LYSMD1Q96S90 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LYSMD1Q96S90 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LYSMD1Q96S90 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LYSMD1Q96S90 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LYSMD1Q96S90 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LYSMD1Q96S90 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LYSMD1Q96S90 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.57■■■□□ 2
LYSMD1Q96S90 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LYSMD1Q96S90 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LYSMD1Q96S90 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LYSMD1Q96S90 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LYSMD1Q96S90 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LYSMD1Q96S90 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LYSMD1Q96S90 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LYSMD1Q96S90 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LYSMD1Q96S90 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
LYSMD1Q96S90 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LYSMD1Q96S90 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LYSMD1Q96S90 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LYSMD1Q96S90 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LYSMD1Q96S90 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
LYSMD1Q96S90 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms