Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SKA1Q96BD8 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SKA1Q96BD8 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SKA1Q96BD8 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SKA1Q96BD8 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SKA1Q96BD8 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
SKA1Q96BD8 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SKA1Q96BD8 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SKA1Q96BD8 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SKA1Q96BD8 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SKA1Q96BD8 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SKA1Q96BD8 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SKA1Q96BD8 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SKA1Q96BD8 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SKA1Q96BD8 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SKA1Q96BD8 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
SKA1Q96BD8 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SKA1Q96BD8 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SKA1Q96BD8 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SKA1Q96BD8 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SKA1Q96BD8 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SKA1Q96BD8 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SKA1Q96BD8 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SKA1Q96BD8 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SKA1Q96BD8 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SKA1Q96BD8 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SKA1Q96BD8 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SKA1Q96BD8 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SKA1Q96BD8 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SKA1Q96BD8 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SKA1Q96BD8 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SKA1Q96BD8 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SKA1Q96BD8 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SKA1Q96BD8 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SKA1Q96BD8 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SKA1Q96BD8 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27.89■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SKA1Q96BD8 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SKA1Q96BD8 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms