Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28AQ8IWP9 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28AQ8IWP9 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC28AQ8IWP9 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC28AQ8IWP9 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC28AQ8IWP9 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC28AQ8IWP9 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28AQ8IWP9 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28AQ8IWP9 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC28AQ8IWP9 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28AQ8IWP9 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28AQ8IWP9 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC28AQ8IWP9 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC28AQ8IWP9 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC28AQ8IWP9 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28AQ8IWP9 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28AQ8IWP9 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28AQ8IWP9 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28AQ8IWP9 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28AQ8IWP9 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28AQ8IWP9 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC28AQ8IWP9 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC28AQ8IWP9 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC28AQ8IWP9 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC28AQ8IWP9 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC28AQ8IWP9 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC28AQ8IWP9 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC28AQ8IWP9 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC28AQ8IWP9 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC28AQ8IWP9 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28AQ8IWP9 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC28AQ8IWP9 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC28AQ8IWP9 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC28AQ8IWP9 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC28AQ8IWP9 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC28AQ8IWP9 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC28AQ8IWP9 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC28AQ8IWP9 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC28AQ8IWP9 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC28AQ8IWP9 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC28AQ8IWP9 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC28AQ8IWP9 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28AQ8IWP9 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28AQ8IWP9 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC28AQ8IWP9 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC28AQ8IWP9 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 151.5 ms