Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 INTS11-206ENST00000430786 849 ntTSL 511.77□□□□□ -0.533e-15■■■■■ 85.6
SF3A3Q12874 INTS11-231ENST00000526797 659 ntTSL 49.35□□□□□ -0.913e-15■■■■■ 85.6
SF3A3Q12874 TECPR1-217ENST00000490842 3488 ntTSL 1 (best)16.41■□□□□ 0.223e-12■■■■■ 84.6
SF3A3Q12874 TECPR1-204ENST00000447648 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.113e-12■■■■■ 84.6
SF3A3Q12874 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.741e-12■■■■■ 84
SF3A3Q12874 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.711e-12■■■■■ 84
SF3A3Q12874 MAFK-202ENST00000403150 2773 ntTSL 224.7■■□□□ 1.541e-12■■■■■ 84
SF3A3Q12874 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.831e-12■■■■■ 84
SF3A3Q12874 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.711e-12■■■■■ 84
SF3A3Q12874 HIP1R-202ENST00000452196 2054 ntTSL 1 (best)18.85■□□□□ 0.611e-12■■■■■ 84
SF3A3Q12874 HIP1R-207ENST00000536847 1233 ntTSL 318■□□□□ 0.471e-12■■■■■ 84
SF3A3Q12874 MAFK-203ENST00000406174 632 ntTSL 311.02□□□□□ -0.651e-12■■■■■ 84
SF3A3Q12874 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.121e-323■■■■■ 83.9
SF3A3Q12874 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC14.1□□□□□ -0.151e-323■■■■■ 83.9
SF3A3Q12874 HDAC8-207ENST00000373573 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.151e-323■■■■■ 83.9
SF3A3Q12874 HDAC8-205ENST00000373568 1037 ntTSL 511.98□□□□□ -0.491e-323■■■■■ 83.9
SF3A3Q12874 HDAC8-216ENST00000470998 329 ntTSL 35.61□□□□□ -1.511e-323■■■■■ 83.9
SF3A3Q12874 RNU2-68P-201ENST00000410878 191 ntBASIC3.4□□□□□ -1.871e-323■■■■■ 83.9
SF3A3Q12874 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.385e-7■■■■■ 83.8
SF3A3Q12874 RGS3-226ENST00000492676 583 ntTSL 213.61□□□□□ -0.235e-7■■■■■ 83.8
SF3A3Q12874 RGS3-209ENST00000460000 536 ntTSL 412.4□□□□□ -0.425e-7■■■■■ 83.8
SF3A3Q12874 RGS3-227ENST00000496113 641 ntTSL 410.55□□□□□ -0.725e-7■■■■■ 83.8
SF3A3Q12874 RGS3-228ENST00000496264 457 ntTSL 510.52□□□□□ -0.735e-7■■■■■ 83.8
SF3A3Q12874 RGS3-217ENST00000470775 364 ntTSL 58.09□□□□□ -1.115e-7■■■■■ 83.8
SF3A3Q12874 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.686e-11■■■■■ 83.2
SF3A3Q12874 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.196e-11■■■■■ 83.2
SF3A3Q12874 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.046e-11■■■■■ 83.2
SF3A3Q12874 GSKIP-203ENST00000554182 760 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.74□□□□□ -0.536e-11■■■■■ 83.2
SF3A3Q12874 GSKIP-206ENST00000555757 361 ntTSL 35.32□□□□□ -1.566e-11■■■■■ 83.2
SF3A3Q12874 RNU2-33P-201ENST00000410344 192 ntBASIC3.54□□□□□ -1.846e-11■■■■■ 83.2
SF3A3Q12874 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.781e-11■■■■■ 82.7
SF3A3Q12874 TAF6-203ENST00000421980 2685 ntTSL 517.96■□□□□ 0.471e-11■■■■■ 82.7
SF3A3Q12874 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.221e-11■■■■■ 82.7
SF3A3Q12874 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.191e-11■■■■■ 82.7
SF3A3Q12874 TAF6-205ENST00000437822 2318 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.141e-11■■■■■ 82.7
SF3A3Q12874 TAF6-213ENST00000472509 2551 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.371e-11■■■■■ 82.7
SF3A3Q12874 TAF6-214ENST00000487115 384 ntTSL 29.22□□□□□ -0.931e-11■■■■■ 82.7
SF3A3Q12874 MCF2L-229ENST00000488765 3205 ntTSL 218.45■□□□□ 0.546e-9■■■■■ 82.3
SF3A3Q12874 ALDH2-203ENST00000548536 1760 ntTSL 316.42■□□□□ 0.226e-11■■■■■ 80.7
SF3A3Q12874 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.066e-11■■■■■ 80.7
SF3A3Q12874 ALDH2-201ENST00000261733 9569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.7□□□□□ -0.76e-11■■■■■ 80.7
SF3A3Q12874 SPATA20-207ENST00000504271 806 ntTSL 216.81■□□□□ 0.288e-14■■■■■ 79.3
SF3A3Q12874 SPATA20-214ENST00000508528 512 ntTSL 511.39□□□□□ -0.598e-14■■■■■ 79.3
SF3A3Q12874 RNU2-61P-201ENST00000411069 191 ntBASIC2.1□□□□□ -2.071e-8■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.456e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.476e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.246e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 ABCA7-215ENST00000531478 725 ntTSL 318.41■□□□□ 0.546e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 ABCA7-204ENST00000524383 389 ntTSL 318.2■□□□□ 0.56e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.416e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.296e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 WDR90-221ENST00000552648 905 ntTSL 516.76■□□□□ 0.276e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-201ENST00000326956 2913 ntTSL 215.85■□□□□ 0.136e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 TNPO2-205ENST00000586775 945 ntTSL 314.04□□□□□ -0.166e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 DENND5A-216ENST00000533737 743 ntTSL 313.47□□□□□ -0.256e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-208ENST00000444533 560 ntTSL 312.99□□□□□ -0.336e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 TNPO2-208ENST00000587654 575 ntTSL 412.89□□□□□ -0.356e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-214ENST00000533209 552 ntTSL 411□□□□□ -0.656e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-210ENST00000525990 701 ntTSL 210.52□□□□□ -0.736e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 TNPO2-214ENST00000589337 541 ntTSL 410.24□□□□□ -0.776e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 DENND5A-208ENST00000528725 728 ntTSL 39.68□□□□□ -0.866e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-206ENST00000420121 593 ntTSL 39.55□□□□□ -0.886e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-215ENST00000533946 431 ntTSL 38.59□□□□□ -1.036e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-211ENST00000528787 577 ntTSL 47.34□□□□□ -1.236e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 SSBP3-207ENST00000426150 851 ntTSL 36.8□□□□□ -1.326e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 TNPO2-217ENST00000590781 547 ntTSL 45.9□□□□□ -1.466e-12■■■■■ 79.1
SF3A3Q12874 TTLL3-231ENST00000496246 507 ntTSL 410.04□□□□□ -0.83e-23■■■■■ 78.6
SF3A3Q12874 TTLL3-233ENST00000602338 693 nt9.92□□□□□ -0.823e-23■■■■■ 78.6
SF3A3Q12874 TTLL3-226ENST00000474948 603 ntTSL 47.44□□□□□ -1.223e-23■■■■■ 78.6
SF3A3Q12874 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.665e-7■■■■■ 76.4
SF3A3Q12874 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.271e-6■■■■■ 76.4
SF3A3Q12874 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.25e-7■■■■■ 76.4
SF3A3Q12874 ITGB4-205ENST00000579211 411 ntTSL 215.74■□□□□ 0.115e-7■■■■■ 76.4
SF3A3Q12874 ITGB4-203ENST00000450894 5645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.085e-7■■■■■ 76.4
SF3A3Q12874 ITGB4-202ENST00000449880 5689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.015e-7■■■■■ 76.4
SF3A3Q12874 ITGB4-209ENST00000583327 699 ntTSL 312.95□□□□□ -0.345e-7■■■■■ 76.4
SF3A3Q12874 ITGB4-208ENST00000582629 458 ntTSL 312.17□□□□□ -0.465e-7■■■■■ 76.4
SF3A3Q12874 INTS10-203ENST00000518424 556 ntTSL 417.95■□□□□ 0.463e-8■■■■■ 75.4
SF3A3Q12874 INTS10-213ENST00000522114 623 ntTSL 417.65■□□□□ 0.423e-8■■■■■ 75.4
SF3A3Q12874 INTS10-211ENST00000521758 471 ntTSL 216.25■□□□□ 0.193e-8■■■■■ 75.4
SF3A3Q12874 INTS10-208ENST00000520985 826 ntTSL 213.98□□□□□ -0.173e-8■■■■■ 75.4
SF3A3Q12874 INTS10-218ENST00000523869 528 ntTSL 512.53□□□□□ -0.43e-8■■■■■ 75.4
SF3A3Q12874 MAU2-211ENST00000589947 670 ntTSL 412.25□□□□□ -0.451e-11■■■■■ 75.3
SF3A3Q12874 MAU2-203ENST00000499453 4071 ntTSL 211.5□□□□□ -0.571e-11■■■■■ 75.3
SF3A3Q12874 MAU2-208ENST00000587709 3751 ntTSL 210.81□□□□□ -0.681e-11■■■■■ 75.3
SF3A3Q12874 MAU2-213ENST00000590882 553 ntTSL 46.8□□□□□ -1.321e-11■■■■■ 75.3
SF3A3Q12874 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.373e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.173e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.943e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 CRELD2-209ENST00000483652 1994 ntTSL 1 (best)20.59■□□□□ 0.893e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 PACS2-209ENST00000549030 1925 ntTSL 220.46■□□□□ 0.873e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 SYNGR2-204ENST00000589168 2125 ntTSL 219.61■□□□□ 0.733e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 RPS19-207ENST00000600467 420 ntTSL 218.91■□□□□ 0.623e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 BSG-211ENST00000576984 544 ntTSL 418.22■□□□□ 0.512e-21■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.443e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 GOLGA2-208ENST00000486411 591 ntTSL 317.53■□□□□ 0.43e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 CRELD2-205ENST00000444954 598 ntTSL 317.17■□□□□ 0.343e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 CRELD2-210ENST00000487969 2622 ntTSL 216.94■□□□□ 0.33e-11■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 BSG-208ENST00000573784 559 ntTSL 416.75■□□□□ 0.272e-21■■■■■ 74.1
SF3A3Q12874 SYNGR2-205ENST00000589183 796 ntTSL 316.47■□□□□ 0.233e-11■■■■■ 74.1
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