Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIG3P49916 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIG3P49916 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIG3P49916 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIG3P49916 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
LIG3P49916 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
LIG3P49916 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
LIG3P49916 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
LIG3P49916 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
LIG3P49916 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
LIG3P49916 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIG3P49916 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIG3P49916 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG3P49916 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
LIG3P49916 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
LIG3P49916 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
LIG3P49916 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG3P49916 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
LIG3P49916 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
LIG3P49916 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIG3P49916 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIG3P49916 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIG3P49916 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIG3P49916 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIG3P49916 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIG3P49916 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG3P49916 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG3P49916 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIG3P49916 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIG3P49916 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIG3P49916 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIG3P49916 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
LIG3P49916 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG3P49916 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIG3P49916 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIG3P49916 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIG3P49916 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIG3P49916 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIG3P49916 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
LIG3P49916 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG3P49916 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG3P49916 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG3P49916 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIG3P49916 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIG3P49916 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIG3P49916 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
LIG3P49916 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
LIG3P49916 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIG3P49916 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG3P49916 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIG3P49916 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG3P49916 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIG3P49916 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIG3P49916 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIG3P49916 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIG3P49916 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG3P49916 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG3P49916 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIG3P49916 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIG3P49916 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG3P49916 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIG3P49916 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG3P49916 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIG3P49916 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIG3P49916 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIG3P49916 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIG3P49916 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG3P49916 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
LIG3P49916 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG3P49916 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG3P49916 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG3P49916 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIG3P49916 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIG3P49916 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIG3P49916 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIG3P49916 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIG3P49916 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIG3P49916 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIG3P49916 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIG3P49916 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
LIG3P49916 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIG3P49916 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIG3P49916 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
LIG3P49916 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIG3P49916 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG3P49916 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG3P49916 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
LIG3P49916 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG3P49916 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG3P49916 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG3P49916 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG3P49916 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG3P49916 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG3P49916 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG3P49916 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG3P49916 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG3P49916 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG3P49916 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG3P49916 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
LIG3P49916 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms