Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXA9P31269 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
HOXA9P31269 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
HOXA9P31269 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXA9P31269 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXA9P31269 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXA9P31269 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXA9P31269 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
HOXA9P31269 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
HOXA9P31269 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXA9P31269 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXA9P31269 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXA9P31269 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
HOXA9P31269 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXA9P31269 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
HOXA9P31269 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
HOXA9P31269 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
HOXA9P31269 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
HOXA9P31269 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXA9P31269 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXA9P31269 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXA9P31269 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXA9P31269 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
HOXA9P31269 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXA9P31269 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXA9P31269 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
HOXA9P31269 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXA9P31269 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXA9P31269 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXA9P31269 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXA9P31269 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXA9P31269 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXA9P31269 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXA9P31269 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
HOXA9P31269 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
HOXA9P31269 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
HOXA9P31269 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
HOXA9P31269 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
HOXA9P31269 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
HOXA9P31269 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
HOXA9P31269 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
HOXA9P31269 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
HOXA9P31269 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
HOXA9P31269 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXA9P31269 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
HOXA9P31269 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
HOXA9P31269 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.23
HOXA9P31269 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXA9P31269 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXA9P31269 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HOXA9P31269 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXA9P31269 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXA9P31269 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HOXA9P31269 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
HOXA9P31269 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXA9P31269 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
HOXA9P31269 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXA9P31269 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXA9P31269 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXA9P31269 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
HOXA9P31269 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXA9P31269 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXA9P31269 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXA9P31269 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXA9P31269 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXA9P31269 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
HOXA9P31269 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXA9P31269 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXA9P31269 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms