Protein–RNA interactions for Protein: P02649

APOE, Apolipoprotein E, humanhuman

Predictions only

Length 317 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
APOEP02649 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
APOEP02649 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
APOEP02649 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
APOEP02649 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
APOEP02649 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
APOEP02649 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
APOEP02649 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
APOEP02649 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
APOEP02649 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
APOEP02649 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
APOEP02649 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
APOEP02649 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
APOEP02649 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
APOEP02649 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28.87■■■□□ 2.21
APOEP02649 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
APOEP02649 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
APOEP02649 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.82■■■□□ 2.2
APOEP02649 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
APOEP02649 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
APOEP02649 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
APOEP02649 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
APOEP02649 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
APOEP02649 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
APOEP02649 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
APOEP02649 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.78■■■□□ 2.2
APOEP02649 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
APOEP02649 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
APOEP02649 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
APOEP02649 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
APOEP02649 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
APOEP02649 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
APOEP02649 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
APOEP02649 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
APOEP02649 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
APOEP02649 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
APOEP02649 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
APOEP02649 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
APOEP02649 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
APOEP02649 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
APOEP02649 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
APOEP02649 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
APOEP02649 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
APOEP02649 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
APOEP02649 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
APOEP02649 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
APOEP02649 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
APOEP02649 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
APOEP02649 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
APOEP02649 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
APOEP02649 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
APOEP02649 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
APOEP02649 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
APOEP02649 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
APOEP02649 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
APOEP02649 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
APOEP02649 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
APOEP02649 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
APOEP02649 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
APOEP02649 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
APOEP02649 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
APOEP02649 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
APOEP02649 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
APOEP02649 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
APOEP02649 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
APOEP02649 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
APOEP02649 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
APOEP02649 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
APOEP02649 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
APOEP02649 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
APOEP02649 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
APOEP02649 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
APOEP02649 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
APOEP02649 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
APOEP02649 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
APOEP02649 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
APOEP02649 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
APOEP02649 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
APOEP02649 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
APOEP02649 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
APOEP02649 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
APOEP02649 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
APOEP02649 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
APOEP02649 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
APOEP02649 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
APOEP02649 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
APOEP02649 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
APOEP02649 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
APOEP02649 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
APOEP02649 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
APOEP02649 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
APOEP02649 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
APOEP02649 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
APOEP02649 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
APOEP02649 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
APOEP02649 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
APOEP02649 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
APOEP02649 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
APOEP02649 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
APOEP02649 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
APOEP02649 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms