Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDDC3Q8N4P3 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDDC3Q8N4P3 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
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