Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LHX3Q9UBR4 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 122.6 ms