Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HDDC3Q8N4P3 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms