Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF3Q9UKF6 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF3Q9UKF6 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114.4 ms