Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LHX3Q9UBR4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LHX3Q9UBR4 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.8 ms