Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CPSF3Q9UKF6 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF3Q9UKF6 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms