Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Ccdc3Q9D6Y1 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20431-201ENSMUST00000125544 2367 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9870-201ENSMUST00000063874 645 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Pigx-210ENSMUST00000155966 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Olig3-201ENSMUST00000053225 2072 ntAPPRIS P1 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Gpx4-201ENSMUST00000097227 995 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Jak2-202ENSMUST00000065796 5030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Eif5a-209ENSMUST00000108612 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Flvcr1-202ENSMUST00000191946 1216 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Znrf3-201ENSMUST00000109867 6311 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Sult4a1-201ENSMUST00000082365 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Far2os2-201ENSMUST00000149815 980 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Cox6a1-201ENSMUST00000040154 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Rab43-203ENSMUST00000078647 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Arpc2-202ENSMUST00000113819 1313 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Cyc1-201ENSMUST00000023210 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Ccdc3Q9D6Y1 Tmed10-201ENSMUST00000040766 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11586-201ENSMUST00000123060 566 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5297-201ENSMUST00000198555 1171 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r2c-203ENSMUST00000201156 461 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr160-202ENSMUST00000108258 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Klf15-201ENSMUST00000032174 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Akt1s1-203ENSMUST00000107882 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gm14205-201ENSMUST00000138427 739 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8495-201ENSMUST00000188740 694 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Fuz-214ENSMUST00000209132 853 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Rasl10b-201ENSMUST00000021022 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Btbd17-201ENSMUST00000000206 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Ccdc3Q9D6Y1 4930535I16Rik-201ENSMUST00000181410 519 ntAPPRIS P1 BASIC19.8■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.6 ms