Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
PKNOX1P55347 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PKNOX1P55347 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms