Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF3Q9UKF6 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF3Q9UKF6 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 123 ms