Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHRNEQ04844 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHRNEQ04844 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHRNEQ04844 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHRNEQ04844 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHRNEQ04844 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHRNEQ04844 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHRNEQ04844 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
CHRNEQ04844 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHRNEQ04844 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHRNEQ04844 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHRNEQ04844 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CHRNEQ04844 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHRNEQ04844 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHRNEQ04844 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHRNEQ04844 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHRNEQ04844 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHRNEQ04844 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHRNEQ04844 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.3 ms