Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PKNOX1P55347 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PKNOX1P55347 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.6 ms