Protein–RNA interactions for Protein: Q9QZR9

Col4a4, Collagen alpha-4(IV) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,682 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col4a4Q9QZR9 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col4a4Q9QZR9 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col4a4Q9QZR9 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col4a4Q9QZR9 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col4a4Q9QZR9 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col4a4Q9QZR9 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
Col4a4Q9QZR9 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col4a4Q9QZR9 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Uap1-203ENSMUST00000111351 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Gm12216-203ENSMUST00000121435 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Pianp-204ENSMUST00000160704 1116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 2810405F15Rik-201ENSMUST00000195368 932 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Smim1-209ENSMUST00000145527 562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Nfe2l3-203ENSMUST00000160133 1125 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Fbxo6-202ENSMUST00000056965 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Rab42-201ENSMUST00000040411 761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Ick-201ENSMUST00000009972 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col4a4Q9QZR9 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC21.33■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 AV026068-204ENSMUST00000186214 633 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Pycr2-201ENSMUST00000027802 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.31■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Chrac1-202ENSMUST00000134353 538 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Prcd-205ENSMUST00000178875 1227 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Ankrd9-205ENSMUST00000142012 1226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Mpzl1-210ENSMUST00000194437 643 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 4930444P10Rik-202ENSMUST00000145070 1844 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Gm21988-202ENSMUST00000176268 1621 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 2310022A10Rik-205ENSMUST00000187960 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Col4a4Q9QZR9 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.3 ms