Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHRNEQ04844 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHRNEQ04844 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHRNEQ04844 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHRNEQ04844 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHRNEQ04844 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHRNEQ04844 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHRNEQ04844 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHRNEQ04844 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHRNEQ04844 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CHRNEQ04844 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CHRNEQ04844 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHRNEQ04844 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHRNEQ04844 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72 ms