Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDH1Q08174 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
PCDH1Q08174 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
PCDH1Q08174 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms