Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms