Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHRNEQ04844 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHRNEQ04844 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHRNEQ04844 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms