Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COPB1P53618 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COPB1P53618 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COPB1P53618 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COPB1P53618 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COPB1P53618 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COPB1P53618 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COPB1P53618 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COPB1P53618 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COPB1P53618 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COPB1P53618 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COPB1P53618 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COPB1P53618 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COPB1P53618 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COPB1P53618 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COPB1P53618 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COPB1P53618 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COPB1P53618 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COPB1P53618 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COPB1P53618 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COPB1P53618 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COPB1P53618 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COPB1P53618 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COPB1P53618 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COPB1P53618 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COPB1P53618 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COPB1P53618 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COPB1P53618 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COPB1P53618 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COPB1P53618 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COPB1P53618 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COPB1P53618 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COPB1P53618 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COPB1P53618 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COPB1P53618 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COPB1P53618 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COPB1P53618 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COPB1P53618 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COPB1P53618 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COPB1P53618 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COPB1P53618 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COPB1P53618 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COPB1P53618 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COPB1P53618 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COPB1P53618 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COPB1P53618 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COPB1P53618 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COPB1P53618 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COPB1P53618 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COPB1P53618 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COPB1P53618 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COPB1P53618 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COPB1P53618 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COPB1P53618 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
COPB1P53618 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COPB1P53618 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COPB1P53618 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
COPB1P53618 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COPB1P53618 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COPB1P53618 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COPB1P53618 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COPB1P53618 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COPB1P53618 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COPB1P53618 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COPB1P53618 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COPB1P53618 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COPB1P53618 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COPB1P53618 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COPB1P53618 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COPB1P53618 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COPB1P53618 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
COPB1P53618 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.33■■□□□ 1.64
COPB1P53618 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COPB1P53618 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COPB1P53618 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COPB1P53618 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COPB1P53618 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COPB1P53618 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COPB1P53618 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COPB1P53618 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COPB1P53618 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COPB1P53618 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms