Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
HOXD3P31249 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 197.1 ms