Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
VCX3AQ9NNX9 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
VCX3AQ9NNX9 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VCX3AQ9NNX9 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
VCX3AQ9NNX9 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms