Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Dpy19l1-206ENSMUST00000170356 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Morn4-201ENSMUST00000051772 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc3Q9D6Y1 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10399-202ENSMUST00000202768 748 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Tspan17-201ENSMUST00000026993 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem74b-202ENSMUST00000109872 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16286-201ENSMUST00000025463 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 C1qtnf4-201ENSMUST00000111466 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp36l1-204ENSMUST00000219642 545 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 A730098A19Rik-201ENSMUST00000188193 978 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3558-201ENSMUST00000163790 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Rexo2-208ENSMUST00000216470 454 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem185a-202ENSMUST00000114630 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 P2rx2-202ENSMUST00000112478 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Ssbp4-201ENSMUST00000049908 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Ccdc3Q9D6Y1 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Efr3a-203ENSMUST00000172756 1411 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Btbd6-201ENSMUST00000002880 2057 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnk1-202ENSMUST00000212831 1309 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo4-201ENSMUST00000022791 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 8430432A02Rik-201ENSMUST00000039080 1248 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc36-201ENSMUST00000044694 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem230-201ENSMUST00000028816 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 B4galt1-202ENSMUST00000108096 1413 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Ccdc3Q9D6Y1 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.7 ms