Protein–RNA interactions for Protein: Q96P16

RPRD1A, Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 312 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPRD1AQ96P16 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPRD1AQ96P16 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
RPRD1AQ96P16 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
RPRD1AQ96P16 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms