Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDH1Q08174 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDH1Q08174 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDH1Q08174 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDH1Q08174 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
PCDH1Q08174 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
PCDH1Q08174 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms