Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD3P31249 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD3P31249 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.6 ms