Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPC8

SIX2, Homeobox protein SIX2, humanhuman

Predictions only

Length 291 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX2Q9NPC8 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SIX2Q9NPC8 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SIX2Q9NPC8 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SIX2Q9NPC8 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SIX2Q9NPC8 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SIX2Q9NPC8 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SIX2Q9NPC8 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SIX2Q9NPC8 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 145.2 ms