Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SKA1Q96BD8 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SKA1Q96BD8 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms