Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
USP49Q70CQ1 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP49Q70CQ1 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
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