Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COPB1P53618 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COPB1P53618 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COPB1P53618 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COPB1P53618 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COPB1P53618 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COPB1P53618 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COPB1P53618 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COPB1P53618 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COPB1P53618 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
COPB1P53618 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COPB1P53618 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COPB1P53618 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COPB1P53618 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COPB1P53618 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COPB1P53618 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COPB1P53618 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COPB1P53618 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COPB1P53618 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COPB1P53618 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COPB1P53618 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COPB1P53618 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COPB1P53618 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COPB1P53618 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COPB1P53618 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COPB1P53618 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COPB1P53618 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
COPB1P53618 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COPB1P53618 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COPB1P53618 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COPB1P53618 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COPB1P53618 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COPB1P53618 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
COPB1P53618 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
COPB1P53618 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COPB1P53618 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
COPB1P53618 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COPB1P53618 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COPB1P53618 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COPB1P53618 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COPB1P53618 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COPB1P53618 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COPB1P53618 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COPB1P53618 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COPB1P53618 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COPB1P53618 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
COPB1P53618 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COPB1P53618 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
COPB1P53618 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
COPB1P53618 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COPB1P53618 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COPB1P53618 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COPB1P53618 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COPB1P53618 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COPB1P53618 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COPB1P53618 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COPB1P53618 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COPB1P53618 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COPB1P53618 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COPB1P53618 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COPB1P53618 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COPB1P53618 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COPB1P53618 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
COPB1P53618 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COPB1P53618 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COPB1P53618 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COPB1P53618 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COPB1P53618 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COPB1P53618 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COPB1P53618 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COPB1P53618 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COPB1P53618 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COPB1P53618 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COPB1P53618 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COPB1P53618 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COPB1P53618 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COPB1P53618 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COPB1P53618 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COPB1P53618 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
COPB1P53618 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COPB1P53618 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COPB1P53618 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COPB1P53618 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
COPB1P53618 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COPB1P53618 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
COPB1P53618 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.2 ms