Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD4P09016 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 110.7 ms