Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
RPUSD4Q96CM3 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
RPUSD4Q96CM3 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
RPUSD4Q96CM3 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD4Q96CM3 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RPUSD4Q96CM3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RPUSD4Q96CM3 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RPUSD4Q96CM3 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RPUSD4Q96CM3 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RPUSD4Q96CM3 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
RPUSD4Q96CM3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPUSD4Q96CM3 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPUSD4Q96CM3 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPUSD4Q96CM3 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPUSD4Q96CM3 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPUSD4Q96CM3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPUSD4Q96CM3 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPUSD4Q96CM3 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RPUSD4Q96CM3 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
RPUSD4Q96CM3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RPUSD4Q96CM3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RPUSD4Q96CM3 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RPUSD4Q96CM3 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RPUSD4Q96CM3 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
RPUSD4Q96CM3 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
RPUSD4Q96CM3 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RPUSD4Q96CM3 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
RPUSD4Q96CM3 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
RPUSD4Q96CM3 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
RPUSD4Q96CM3 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
RPUSD4Q96CM3 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
RPUSD4Q96CM3 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
RPUSD4Q96CM3 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
RPUSD4Q96CM3 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
RPUSD4Q96CM3 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
RPUSD4Q96CM3 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
RPUSD4Q96CM3 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
RPUSD4Q96CM3 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
RPUSD4Q96CM3 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
RPUSD4Q96CM3 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
RPUSD4Q96CM3 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
RPUSD4Q96CM3 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
RPUSD4Q96CM3 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
RPUSD4Q96CM3 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
RPUSD4Q96CM3 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
RPUSD4Q96CM3 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
RPUSD4Q96CM3 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
RPUSD4Q96CM3 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
RPUSD4Q96CM3 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
RPUSD4Q96CM3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RPUSD4Q96CM3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RPUSD4Q96CM3 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
RPUSD4Q96CM3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
RPUSD4Q96CM3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
RPUSD4Q96CM3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD4Q96CM3 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
RPUSD4Q96CM3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD4Q96CM3 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
RPUSD4Q96CM3 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
RPUSD4Q96CM3 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
RPUSD4Q96CM3 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
RPUSD4Q96CM3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
RPUSD4Q96CM3 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
RPUSD4Q96CM3 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1373.1 ms