Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SKA1Q96BD8 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SKA1Q96BD8 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SKA1Q96BD8 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SKA1Q96BD8 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SKA1Q96BD8 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SKA1Q96BD8 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SKA1Q96BD8 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SKA1Q96BD8 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SKA1Q96BD8 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SKA1Q96BD8 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SKA1Q96BD8 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SKA1Q96BD8 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SKA1Q96BD8 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SKA1Q96BD8 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
SKA1Q96BD8 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SKA1Q96BD8 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
SKA1Q96BD8 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SKA1Q96BD8 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
SKA1Q96BD8 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SKA1Q96BD8 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SKA1Q96BD8 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
SKA1Q96BD8 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.25
SKA1Q96BD8 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
SKA1Q96BD8 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SKA1Q96BD8 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
SKA1Q96BD8 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SKA1Q96BD8 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SKA1Q96BD8 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SKA1Q96BD8 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
SKA1Q96BD8 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SKA1Q96BD8 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SKA1Q96BD8 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
SKA1Q96BD8 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
SKA1Q96BD8 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SKA1Q96BD8 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SKA1Q96BD8 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SKA1Q96BD8 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SKA1Q96BD8 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
SKA1Q96BD8 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SKA1Q96BD8 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SKA1Q96BD8 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SKA1Q96BD8 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SKA1Q96BD8 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SKA1Q96BD8 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SKA1Q96BD8 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SKA1Q96BD8 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SKA1Q96BD8 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SKA1Q96BD8 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SKA1Q96BD8 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SKA1Q96BD8 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SKA1Q96BD8 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SKA1Q96BD8 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
SKA1Q96BD8 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
SKA1Q96BD8 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SKA1Q96BD8 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SKA1Q96BD8 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SKA1Q96BD8 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SKA1Q96BD8 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SKA1Q96BD8 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SKA1Q96BD8 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SKA1Q96BD8 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SKA1Q96BD8 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SKA1Q96BD8 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SKA1Q96BD8 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SKA1Q96BD8 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SKA1Q96BD8 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SKA1Q96BD8 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SKA1Q96BD8 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SKA1Q96BD8 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SKA1Q96BD8 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SKA1Q96BD8 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SKA1Q96BD8 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SKA1Q96BD8 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SKA1Q96BD8 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SKA1Q96BD8 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SKA1Q96BD8 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms