Protein–RNA interactions for Protein: P97386

Lig3, DNA ligase 3, mousemouse

Predictions only

Length 1,015 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lig3P97386 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Lig3P97386 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
Lig3P97386 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Lig3P97386 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
Lig3P97386 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
Lig3P97386 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Lig3P97386 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
Lig3P97386 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Lig3P97386 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.32
Lig3P97386 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Lig3P97386 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
Lig3P97386 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Lig3P97386 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Lig3P97386 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
Lig3P97386 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
Lig3P97386 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Lig3P97386 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Lig3P97386 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Lig3P97386 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Lig3P97386 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Lig3P97386 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Lig3P97386 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Lig3P97386 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Lig3P97386 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Lig3P97386 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
Lig3P97386 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Lig3P97386 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Lig3P97386 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Lig3P97386 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Lig3P97386 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Lig3P97386 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Lig3P97386 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Lig3P97386 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Lig3P97386 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
Lig3P97386 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
Lig3P97386 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Lig3P97386 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Lig3P97386 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Lig3P97386 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Lig3P97386 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Lig3P97386 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Lig3P97386 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
Lig3P97386 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
Lig3P97386 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
Lig3P97386 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Lig3P97386 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Lig3P97386 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Lig3P97386 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Lig3P97386 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Lig3P97386 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Lig3P97386 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Lig3P97386 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
Lig3P97386 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
Lig3P97386 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Lig3P97386 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Lig3P97386 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Lig3P97386 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Lig3P97386 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Lig3P97386 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Lig3P97386 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Lig3P97386 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Lig3P97386 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Lig3P97386 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Lig3P97386 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Lig3P97386 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Lig3P97386 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Lig3P97386 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Lig3P97386 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
Lig3P97386 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
Lig3P97386 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Lig3P97386 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Lig3P97386 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Lig3P97386 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Lig3P97386 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Lig3P97386 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Lig3P97386 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Lig3P97386 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Lig3P97386 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Lig3P97386 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Lig3P97386 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Lig3P97386 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Lig3P97386 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Lig3P97386 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
Lig3P97386 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
Lig3P97386 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Lig3P97386 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Lig3P97386 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Lig3P97386 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Lig3P97386 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Lig3P97386 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Lig3P97386 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Lig3P97386 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Lig3P97386 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Lig3P97386 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Lig3P97386 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Lig3P97386 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Lig3P97386 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Lig3P97386 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Lig3P97386 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Lig3P97386 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.1 ms