Protein–RNA interactions for Protein: P51956

NEK3, Serine/threonine-protein kinase Nek3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEK3P51956 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
NEK3P51956 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
NEK3P51956 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NEK3P51956 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NEK3P51956 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NEK3P51956 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NEK3P51956 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NEK3P51956 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NEK3P51956 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NEK3P51956 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NEK3P51956 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NEK3P51956 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NEK3P51956 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NEK3P51956 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NEK3P51956 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
NEK3P51956 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
NEK3P51956 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NEK3P51956 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NEK3P51956 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NEK3P51956 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NEK3P51956 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NEK3P51956 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
NEK3P51956 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NEK3P51956 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NEK3P51956 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
NEK3P51956 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NEK3P51956 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NEK3P51956 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NEK3P51956 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NEK3P51956 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
NEK3P51956 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NEK3P51956 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NEK3P51956 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NEK3P51956 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NEK3P51956 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NEK3P51956 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NEK3P51956 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NEK3P51956 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NEK3P51956 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NEK3P51956 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NEK3P51956 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NEK3P51956 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NEK3P51956 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NEK3P51956 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NEK3P51956 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NEK3P51956 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NEK3P51956 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
NEK3P51956 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NEK3P51956 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
NEK3P51956 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
NEK3P51956 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NEK3P51956 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NEK3P51956 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NEK3P51956 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NEK3P51956 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NEK3P51956 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NEK3P51956 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NEK3P51956 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NEK3P51956 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NEK3P51956 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
NEK3P51956 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
NEK3P51956 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NEK3P51956 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
NEK3P51956 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
NEK3P51956 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
NEK3P51956 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NEK3P51956 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NEK3P51956 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NEK3P51956 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
NEK3P51956 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
NEK3P51956 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
NEK3P51956 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NEK3P51956 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NEK3P51956 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NEK3P51956 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NEK3P51956 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NEK3P51956 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NEK3P51956 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NEK3P51956 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NEK3P51956 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NEK3P51956 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NEK3P51956 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.2
NEK3P51956 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.2
NEK3P51956 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NEK3P51956 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NEK3P51956 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NEK3P51956 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NEK3P51956 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
NEK3P51956 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
NEK3P51956 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NEK3P51956 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NEK3P51956 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NEK3P51956 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NEK3P51956 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NEK3P51956 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NEK3P51956 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NEK3P51956 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NEK3P51956 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NEK3P51956 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NEK3P51956 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms