Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
CHMP3Q9Y3E7 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
CHMP3Q9Y3E7 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP3Q9Y3E7 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.1 ms