Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COPB1P53618 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COPB1P53618 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COPB1P53618 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COPB1P53618 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COPB1P53618 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COPB1P53618 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
COPB1P53618 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COPB1P53618 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COPB1P53618 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COPB1P53618 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COPB1P53618 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COPB1P53618 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COPB1P53618 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COPB1P53618 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COPB1P53618 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COPB1P53618 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COPB1P53618 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COPB1P53618 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COPB1P53618 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COPB1P53618 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COPB1P53618 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COPB1P53618 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COPB1P53618 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COPB1P53618 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
COPB1P53618 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COPB1P53618 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COPB1P53618 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COPB1P53618 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COPB1P53618 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COPB1P53618 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COPB1P53618 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COPB1P53618 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COPB1P53618 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COPB1P53618 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COPB1P53618 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COPB1P53618 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COPB1P53618 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COPB1P53618 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COPB1P53618 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COPB1P53618 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COPB1P53618 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COPB1P53618 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COPB1P53618 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COPB1P53618 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COPB1P53618 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COPB1P53618 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COPB1P53618 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COPB1P53618 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COPB1P53618 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COPB1P53618 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COPB1P53618 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COPB1P53618 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COPB1P53618 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COPB1P53618 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COPB1P53618 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COPB1P53618 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COPB1P53618 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COPB1P53618 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
COPB1P53618 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COPB1P53618 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COPB1P53618 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COPB1P53618 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COPB1P53618 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COPB1P53618 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COPB1P53618 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COPB1P53618 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COPB1P53618 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COPB1P53618 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COPB1P53618 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COPB1P53618 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COPB1P53618 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COPB1P53618 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COPB1P53618 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COPB1P53618 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COPB1P53618 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COPB1P53618 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COPB1P53618 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
COPB1P53618 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.9 ms