Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD4P09016 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
HOXD4P09016 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
HOXD4P09016 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXD4P09016 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
HOXD4P09016 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXD4P09016 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.33■■□□□ 1
HOXD4P09016 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD4P09016 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD4P09016 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD4P09016 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD4P09016 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD4P09016 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD4P09016 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD4P09016 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD4P09016 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD4P09016 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD4P09016 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD4P09016 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD4P09016 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD4P09016 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD4P09016 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD4P09016 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD4P09016 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD4P09016 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD4P09016 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD4P09016 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD4P09016 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD4P09016 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD4P09016 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD4P09016 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD4P09016 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD4P09016 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD4P09016 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD4P09016 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXD4P09016 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD4P09016 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD4P09016 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD4P09016 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD4P09016 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD4P09016 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD4P09016 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD4P09016 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD4P09016 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HOXD4P09016 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HOXD4P09016 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD4P09016 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.3 ms